ZOOM Lite

Açıklama

ZOOM Lite, yeni nesil bir sıralama veri haritalama ve görselleştirme yazılımıdır. Kullanıcılar giriş referans genomları ve Illumina/Solexa kısa okuma dosyaları veya AB SOLiD renk alanı, * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta vb. Gibi çeşitli formatlardaki dosyaları okur. referans sırasını okur. ZOOM Lite, yeni tasarlanmış çoklu aralıklı tohum teorisine dayanan hızlı ve doğru bir eşleme çekirdeğine sahiptir. 15bp'den 240bp'ye kadar çeşitli uzunluklarda hem tek uçlu hem de çift uçlu okumalar işlenebilir. Referans sekans üzerinde okunan ve hedef bölgesi arasına herhangi bir sayıda uyumsuzluğa ve çeşitli uzunluklarda bir ekleme/silme işlemine izin verilir. Her okuma için benzersiz şekilde eşlenmiş sonuçlar veya en iyi (en iyi N) sonuçlar, minimum uyumsuzluklara ve indel uzunluğuna göre rapor edilecektir. Haritalama doğruluğunu artırmak için kalite puanları kullanılır. Eşleme çekirdeğine dayalı olarak, ZOOM Lite, kullanıcıların yerel okuma verilerini ve referans sırası verilerini yüklemelerine, uygun parametreleri seçmelerine, yüksek hacimli verileri dört adede kadar CPU arasında paralel olarak işlemelerine, çalışan görevleri izlemelerine, haritalama sonuçlarını kaydetmelerine, grafiklerini görüntülemelerine olanak tanır. UCSC tarayıcı izleme bilgileriyle daha fazla araştırma yapmak için * .BED veya * .GFF dosya formatlarında sonuçları haritalama ve çıktı haritalama sonuçları. Haritalama sonuçları, tüm bir kromozom üzerindeki okuma derinliği grafiğinden okumalar ve referans dizisi arasındaki ayrıntılı dizi hizalamalarına kadar istenen herhangi bir ölçekte görüntülenebilir. Kullanıcılar, sadece tıklama ve sürükleme veya kaydırma yoluyla ilgi alanlarına kolayca gider. ZOOM Lite, ZOOM Studio yazılımının bir türevidir.